installation de logiciels

Bonjour
Désolée de vous inonder de demandes mais votre aide m'est très précieuse
car je débute en LINUX.
Sous xubuntu version 14.04 j'ai installé le gestionnaire de paquets
synaptique et l'installateur de paquets debi. j'ai viré la logithèque de
Xubuntu.

J'ai des fichiers .jar à installer , en particulier la dernière version
de eclipse car dans le dépot ubuntu ils en sont restés à la version 3.8.
est-ce que si j'installe directement ces fichiers . jar (ce que je ne
sais pas encore faire d'ailleurs mais ca viendra!....) synaptic sera
tout de même en mesure d'assurer la cohérence (dépendances etc...) des
paquets. J'ai bien compris que les versions qui ne sont pas dans le
dépôt ubuntu n'ont pas été testées sur ubuntu. Mais au delà de ce fait,
est ce que je risque d'introduire des incohérences dans les paquets que
je ne verrai pas.

Merci d'avance pour votre aide.
Odile